SOLID Roadshow
Am 23.01.2020 wurden Vorträge im Rahmen des HPC in Life Sciences User meeting Innsbruck zu folgenden Themen gehalten:
HPC for Life Sciences at University of Innsbruck
Bioinformatics helpdesk: Lessons from LiSC
Introduction to the Vienna Scientific Cluster
Medizinische Universität Innsbruck
Insitut für Bioinformatik
Die Forschungsaktivitäten am Institut für Bioinformatik sind auf zwei Schwerpunkte ausgerichtet:
- Computational Genomics. Wir untersuchen verschiedene funktionelle Genomdaten im Zusammenhang mit menschlichen Krankheiten. Durch die Analyse von hochdimensionalen Datensätzen wollen wir Kandidatengene identifizieren und priorisieren sowie weitere Wege charakterisieren, die zur Pathophysiologie von Krankheiten beitragen.
- Krebsimmunologie. Unser Ziel ist es, die Interaktion zwischen Tumor und Immunzelle mithilfe eines kombinierten rechnerisch-experimentellen Ansatzes zu entschlüsseln. Konkret geht es um die Frage, wie das Immunsystem das Mutationsspektrum des Tumors während des Fortschreitens prägt.
Ressourcen
Die Einrichtung umfasst bioinformatische Softwaretools für die Analyse und Interpretation von Hochdurchsatzdaten, Pipelines für Deep-Sequencing-Anwendungen, Bilddatenanalyse, Genexpressionsdatenanalyse (Microarrays, RNAseq), Pathway-, Netzwerk- und regulatorische Sequenzanalysen und vieles mehr.
Operator: Medizinische Universität Innsbruck
Hardware: 504 cores, 16TB RAM, 2.3 PB storage
Software: Bioinformatik spezifische Programme
Homepage: Ibk computer facility
Universität Innsbruck
Supercomputer LEO4 ZID (IT-Center)
LEO4 ist ein Hochleistungsrechnercluster des ZID (IT-Center) der Universität Innsbruck, der in enger Zusammenarbeit mit dem Forschungsbereich Scientific Computing betrieben wird.
Betreiber: ZID Universität Innsbruck
Hardware: 1344 cores, 4.9TB (durchschn. 64GB) RAM, 147TB storage
Software: Bioinformatik spezifische Programme
Homepage: LEO4
Ansprechspersonen
